水性笔使用油墨为纯水性，纸对其的吸收性强。水性笔一般使用在吸收面上，即使涂在非吸收面上，也可以擦去，书写在纸上一般没有背痕。优点是书写手感与书写质量好，缺点是墨水粘度小，书写长度小，即同样出墨量下能写出的字较少。水性笔较油性笔无味，笔尖不易干燥，其笔迹耐光但不耐水，遇到水会渲染开来，不慎摔过就很容易断水。
油性笔使用油墨为油性，难溶于水，不易褪色和化开，油性笔可在吸收面和非吸收面上书写，且不易被擦去，在白纸上书写，背面上有明显的背痕，常常用在需要标记的场合。优点是墨水粘度大，书写长度大，即同样出墨量下能写出更多字；缺点是书写手感与书写质量不佳。
中性笔所用油墨性质介于水性笔和油性笔之间，保存时间较水性笔更长，遇水也不容易化开，但性质不如油性笔那么稳定。当书写一些需要保存的文档时，常用到中性笔。
